Im Jahr 1618 erfolgte die Grundsteinlegung zu Kirche und Kloster, 1629 ihre Weihe durch den Paderborner Weihbischof Johannes Pelcking. Bis 1621 (Datumsstein im Giebelfenster) war der Kernbau der Klosteranlage entstanden.

Die Kirche war zunächst ein schlichter Saal von 4 Jochen mit einem 3/6-Chorschluss und flacher Holzdecke. Bei der Erweiterung um zwei Joche im Jahre 1725 wählte man statt des manieriert gotisierenden Maßwerks schlichte Rundbogenfenster. Schon wenige Jahre vorher war anstelle des einfachen Gebäudetraktes des alten Klosters von 1629 eine dreiflügelige Klosteranlage mit Kreuzgang errichtet worden. Am 29. Juli 1716 erfolgte im Beisein von Maximilian Ulrich Graf von Kaunitz-Rietberg die Grundsteinlegung durch den Clarholzer Propst Elbert Freiherr von Kückelsheim und den Abt der Zisterzienserabtei Marienfeld Everhard Gallenkamp. 1721 konnte der Neubau vollendet werden. Bis 1743 kam noch ein Ökonomieflügel entlang der Ems hinzu.

In der zweiten Hälfte des 19. Jh., während der Zeit des Kulturkampfes (1874-1884), mussten der Chor und die Verbindung zum Kloster, die durch ein Absinken des Wasserspiegels der Ems einzustürzen drohten, neu fundamentiert werden. Das alte, noch aus der Barockzeit stammende Gewölbe musste aus statischen Gründen 1888 niedergelegt werden. Stattdessen wurde ein leichtes neugotisches Gewölbe eingezogen. Es ruht auf neu eingefügten Rundpfeilervorlagen, was die Raumgestalt noch einmal stark verändert hat. Weitere Umbauten an Kloster und Kirche wurden noch einmal von 1899 bis 1902 vorgenommen. Einem verheerenden Brand des Jahres 1935 fielen der ursprüngliche Dachreiter und das historische Geläut zum Opfer.

Aus Mangel an Nachwuchs wurde das Rietberger Franziskanerkloster 1967 zu einer Residenz herabgestuft und im Jahre 1975 aufgehoben. Vier Jahre später verließ der letzte Franziskanerpater die Emsstadt. Kirche und Kloster wurden 1979 dem Erzbistum Paderborn übergeben. Die Kirche wird seitdem von der kath. Pfarrgemeinde St. Johannes Baptist betreut. Seit dem 1. Juli 1969 nutzt das Jugendwerk Rietberg, eine Einrichtung der freien Jugendhilfe, die vom Verein für Jugendhilfe im Erzbistum Paderborn e.V. getragen wird, die Klostergebäude.