In der heute vom Klosterhof (Torhaus zur Emsstraße) zugänglichen Krypta unter dem Hochchor, zu der man ursprünglich vom Ordensaltar der Kirche aus gelangte, wurden 12 Mitglieder des gräflichen Hauses Ostfriesland, Rietberg und Kaunitz beigesetzt, unter ihnen auch die Klostergründer Graf Johann III., Gräfin Sabina Catharina und (deren Sohn) Graf Ernst Christoph. Hier wurde zudem das vom mährischen Brünn (Tschechien) nach Rietberg überführte Herz der letzten in Rietberg geborenen (4. August 1687) Gräfin Maria Ernestine Franziska bestattet. Bis zur Klostergründung im Jahre 1618 hatte das Grafenhaus seine Toten überwiegend im Kreuzgang des Zisterzienserklosters Marienfeld bestattet.

In den 80er Jahren des 19. Jh. durch Neufundamentierung des Chores teilweise verschüttet, wurde die Krypta erst um 1900 unter dem Guardian Pater Didacus Falke (1863-1932) teilweise wiederhergestellt. In diesem Zusammenhang wurden auch die vorhandenen beiden Särge und die vergoldete Kupferkapsel mit dem Herzen der Gräfin geborgen. Zwischenzeitlich durch einen Heizungseinbau beeinträchtigt, konnte im Rahmen der jüngsten Innenrestaurierung die Krypta wieder annähernd in ihre ursprüngliche Größe zurückversetzt werden. Dabei hat auch das Herz von Maria Ernestina Franziska einen würdigen Ort auf einer Stele des Künstlers Horst-Jürgen Hoburg (Verl) gefunden. Seit dem 20. Februar 2008, dem 250. Jahrestag seiner feierlichen Beisetzung durch den Paderborner Weihbischof Franz Gondola, ist die aus Spendenmitteln vollkommen neu gestaltete Krypta der Öffentlichkeit wieder zugänglich.